南京大学常熟生态研究院成立于2012年9月，由南京大学和常熟市人民政府合作共建，是国家工程中心的成果转化基地。研究院主要方向包括生态修复与区域规划，高新技术园区建设、经营和管理，技术服务，技术转让，社会经济信息咨询，是我国第一个校府共建生态研究院。针对地方发展需要，集生态技术研发、产业孵化、专业服务、人才培养及国际合作为一体的创新与服务机构。

   研究院实行企业化管理模式，企业主体为南大（常熟）研究院有限公司。研究院建筑面积3100平方米，实验室面积4800平方米，现场展示中心2300平方米，野外小试基地面积50.25亩（33500平方米），野外中试试验基地300亩，工程示范基地6000 亩。目前，研究院已通过ISO三体系认证、3A信用体系认证，成为国家高新技术企业、国家湿地修复长期科研基地、国家自然教育学校（基地）、全国林草科普基地、中国科学院上海高等研究院联合研究中心、水处理与水环境修复教育部工程研究中心、南京大学国家双创示范基地（常熟基地）、江苏省外国专家工作室、江苏省新型研发机构、江苏省湿地修复工程实验室、江苏省博士后创新实践基地、江苏省企业研究生工作站、江苏省农业科技型企业、苏州市优秀产学研创新载体、苏州市服务业创新型示范企业、苏州市产学研合作示范载体。拥有江苏省环境污染治理工程设计能力甲级资质、江苏省环境污染治理能力甲级资质、国家林业调查规划设计资质、国家旅游规划设计资质、建筑装修装饰工程专业承包资质。