中心依托南京大学，联合常州大学、江苏省环境科学研究院等单位科研团队，推动“教育—科技—人才”一体化发展，构建了“创新链—产业链—人才链”协同发展运行机制。以南京大学等高校、科研院所为创新内核，开展应用基础与技术原理研究，打造创新策源地；以南京大学与地方共建的校外政产学研平台为成果转化层，开展概念验证、技术二次开发、中试放大等研究，突破成果转化的“死亡鸿沟”；以培育孵化企业为产业推广层，提供成果产业化的应用场景，加速成果落地应用。此外，通过联合龙头企业“拨投结合”资金技持，打造“高校科研院所源头攻关—校外平台放大验证—龙头企业应用场景示范—源创资金产业化支撑”全生命周期的多层次支持体系，形成了政产学研金深度融合的协同创新体系。

    中心围绕四个主要研究方向，建立了技术研究、装备研发、成果转化、产业孵化等九大平台，拥有八个产学研用基地以及若干成果推广和辐射单位，并形成了两个科技部、两个生态环境部技术创新战略联盟，为长三角、珠三角、淮河流域、江苏沿海乃至全国化工等行业可持续发展作出了重要贡献。
    中心以“至诚、至真、至善，立德、立公、立业”为服务理念，聚集学校、地方政府、企业三方资源，坚持“教育与社会相结合，科技与产业相结合”，以“开放、联合、协同、创新”为运行机制，强化体制、机制、理念创新，实现社会效益与经济效益的统一。