南京大学盐城环保技术与工程研究院成立于2010年8月，是由南京大学与盐城市人民政府共建的自收自支的科研型事业单位。研究院是工程中心在江苏沿海环保科技成果转化、科技创新创业的战略基地，也是国家水体污染控制与治理重大专项在淮河流域的重要产业化基地。其宗旨是发展环保战略新型产业，控制沿海开发对区域环境与近海海洋的污染，保障区域生态健康和饮用水安全，支撑淮河流域社会经济的可持续发展。